Liens utiles en BIO Informatique

, par Sylvie Bardes

Suite au stage PAF 2013-2014, voici des liens utiles pour enseigner la Bio informatique.

En tout premier, j’aimerais vous envoyer sur le site Interstices, vous y trouverez "une revue de culture scientifique sur la recherche en informatique, créée et éditée par Inria, animée par des chercheurs, avec le CNRS et les Universités."
Vous pourrez y sélectionner différents articles concernant la bio informatique sous forme d’interview, de documents texte, de vidéos ou d’animations balayant bien les différents aspects de la bio informatique : molécules supports, acquisitions de données, interprétations, traitements des données ...

banques de données généralistestypeoriginehébergeur
Genbank ADN/ARN Etats Unis NCBI(National Center for Biotechnology Information, Los Alamos)
EMBL(European Moleculary Biology Laboratory) ADN/ARN Europe EBI(European Bioinformatics Institute, Cambridge)
DDBJ(DNA Data Bank of Japan) ADN/ARN Japon NIG(National Institute of Genetics)
Swissprot/TrEMBL Europe protéines Uniprot
PIR USA protéines
banques de données spécialiséescontenus
Ensembl Banque intégrative génomique
Reactome Banque intégrative métabolique
Prosite Motifs protéiques ayant une signification biologique
Kegg Pathway Interactions moléculaires et réactions
PFAM Domaines protéiques
Interpro Regroupe plusieurs banques existantes
PDB Structure 3D de protéines, acides aminés et molécules biologiques
PubMed citations, résumés et articles (recherche bibliographique)
logiciels en ligneutilisation
Nebcutter restrictions in silico
SMS2 portail de programme Java d’analyse de séquences d’acides nucléiques ou de protéines
Primer3 conception de sonde ou d’amorces
Oligoanalyzer contrôle de la qualité des amorces
BLAST alignement de NCBI
Multalin alignement multiple de l’INRA
Expasy portail de bio informatique : banques de données et outils

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