Bioinformatique : alignement de séquences et arbre phylogénétique TraAM 2014- Académie de Versailles- Sébastien CHAZALON et Gilles ROSSI

, par Géraldine Carayol

Ce traAM, travail académique mutualisé, se présente sous la forme de 2 activités utilisant le numérique ;

  • Alignement de séquences, dans le cadre de l’étude d’un ADN de la "bête du Gévaudan" : utilisation de BLAST
  • Arbre phylogénétique : utilisation de ClustalW
Téléchargez le fichier pdf du TraAM sur les alignements de séquence
TraAM Bioinformatique : alignement de séquences- Sébastien CHAZALON et Gilles ROSSI
Documents complémentaires (Annexes 1 et 2)
Annexe 1 : Alignement de séquences
Annexe 2 : Blast, ClustalW et NCBI
Corrigé de ce TraAM

L’exercice préliminaire peut être fait en ligne :

Exercice de bioinformatique

Séquence d’ADN :
C’est l’ordre d’enchaînement des d’un brin d’ADN.

Une séquence est orientée de l’extrémité à l’extrémité .

Les deux brins d’une molécule d’ADN étant , la connaissance de la séquence d’un seul des deux brins est suffisante pour caractériser la molécule en question.

Stabilité et instabilité des séquences d’ADN au cours des générations :
La division cellulaire nécessite la de l’ADN de la cellule mère en deux molécules d’ADN retrouvées dans les cellules filles.
La est un processus extrêmement fidèle qui peut cependant faire des erreurs. Ces erreurs portent le nom de et s’accumulent au fil des divisions (= des générations).

Homologie de séquences :
Homologie = parenté.
On parle d’homologie pour deux séquences ayant évolué à partir du même ancêtre commun. Plus ces séquences se ressemblent et plus elles ont un ancêtre commun dans le temps.

Alignement de séquences :
Un alignement de séquence consiste à comparer deux séquences mises l’une à côté de l’autre.
La comparaison des séquences permet d’observer les régions conservées et d’évaluer le lien de entre les séquences étudiées.

Indices
réplication - 3'OH - nucléotides - mutations - proche - parenté - complémentaires - 5'P - réplication

L’activité propose l’utilisation de sites couramment utilisés en recherche

Compétences B2i développées :
• Domaine1 : s’approprier un espace numérique de travail.
• Domaine 3 : produire, traiter, exploiter et diffuser des documents numériques
• Domaine 4 : organiser la recherche d’informations

Pour en savoir plus :

Sur l’univers du loup garou et de la bête du Gévaudan : lisez "l’homme à l’envers", de Fred Vargas
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